Dal 11 luglio 2016, secondo quanto disposto dal D.M. n.44 del 23 gennaio 2016 "Riorganizzazione del Ministero dei beni e delle attività culturali e del turismo" Registrato dalla Corte dei Conti il 29 Febbraio 2016 e pubblicato nella Gazzetta Ufficiale n. 59 dell'11 marzo 2016, la Soprintendenza Archeologia della Liguria cessa di esistere come Istituto autonomo per confluire nella Soprintendenza Archeologia Belle Arti e Paesaggio per la città metropolitana di Genova e le province di Imperia, La Spezia e Savona.
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